John Knowles Paine (ur. 9 stycznia 1839 w Portland w stanie Maine, zm. 25 kwietnia 1906 w Cambridge w stanie Massachusetts) – amerykański kompozytor, organista i pedagog.
Jego ojciec prowadził sklep muzyczny i dyrygował zespołem w Portland. John Paine uczył się gry na organach i fortepianie, harmonii i kontrapunktu u Hermanna Kotzschmara. W latach 1858–1861 studiował w Hochschule für Musik w Berlinie u Wilhelma Friedricha Wieprechta (orkiestracja i kompozycja) oraz Carla Augusta Haupta (organy). W 1861 roku osiadł w Bostonie, gdzie grał jako organista w West Church i prowadził działalność jako pedagog. W 1862 roku został wykładowcą Uniwersytetu Harvarda, grał też jako organista w uniwersyteckiej Appleton Chapel. W latach 1866–1867 koncertował w Europie. W 1873 roku jego staraniem utworzono na Uniwersytecie Harvarda pierwszą w Stanach Zjednoczonych katedrę muzyki, w 1875 roku został jej profesorem. Działał jako organizator życia muzycznego, wykładał gościnnie na wielu uczelniach. Prowadził też działalność koncertową jako solista i członek licznych zespołów. Założył American Guild of Organists. W 1898 roku został członkiem National Institute of Arts and Letters.
Początkowo tworzył w stylistyce klasycznej, z czasem jego muzyka zyskała na dramatyczności i pogłębieniu wyrazu, dostrzegalny stał się w niej wpływ
Schumanna,
Mendelssohna i
Wagnera. W muzyce organowej wzorował się na twórczości
Bacha. Utwory Paine’a odznaczają się rozwiniętą chromatyką, regularną metryką, figuracyjną melodyką i brzmieniem o urozmaiconej kolorystyce. Był pierwszym amerykańskim kompozytorem, który napisał oratorium (St Peter, 1872).
Opublikował pracę The History of Music to the Death of Schubert (wyd. Boston 1907).